Безхребетні з'явилися ще протерозойську еру – 1,5–2 млрд років тому. Приблизно 1 млрд років тому від одноклітинних колоніальних відбулися багатоклітинні форми. У морях ранньої палеозойської ери (близько 0,5 млрд років тому) вже мешкали представники практично всіх типів безхребетних.