Єдиним та ефективним методом профілактики захворювання є щеплення проти кліщового енцефаліту. Щеплюватися можна в будь-яку пору року, але краще імунізацію проводити в зимові місяці або напровесні до початку активності кліщів.
Щеплення від кліщового енцефаліту ставлять восени, щоб підготуватися до весняної епідемії, другу – у зимовий час, або на початку весни. Між введенням препарату необхідно почекати місяць, у ряді випадків – 2 тижні. Введення вакцини також допускається через 3 місяці після першої ін'єкції.
Щеплення вакциною Кліщ-Е-Вак доведеться відкласти після: вірусного гепатиту (на 6 місяців); менінгококової інфекції (6 міс.); після пологів (два тижні);
Вакцинуватися проти кліщового енцефаліту можна, можливо цілий рік, але планувати вакцинацію потрібно таким чином, щоб із моменту другої щеплення пройшло не менше 2 тижнів до можливої зустрічі з кліщем.