Глютен небезпечний тим, що може спричинити алергію. Потрапляючи разом із їжею в ШКТ, речовина розпадається на фракції. Одну з них, зокрема гліадин, імунна система сприймає як чужорідний білок – і виробляє у відповідь імунні комплекси, які ушкоджують стінки кишечника.